最近では超音波式の侵入センサーが付いている車が多いので、車内で何かが動いたりすると発報します。
センサー付近に虫が通っただけでも鳴ります。
一昔前は、車内にマイクが設置してあり音に反応して発報する物もあります。
通常ワイヤレスなどでドアロックしなければ警戒態勢にならないと思いますが、何かが切欠で警戒が始まり車内で動いた為に発報したと思われます。
最近の純正セキュリティーなら、発報履歴や、どのセンサーが働いたかが分かると思いますのでディーラーなどで相談されてみても良いかと思います。

