査定としてはやはり下がってしまいます。
ペットの場合は主に臭いや毛、汚れや引っ掻き傷が要因となりますが、単純にこれらがどの程度あるかが査定に響いてしまいます。また、例えば猫であれば猫アレルギーの過敏な方であれば注意が必要ですので、ルームクリーニングをする際も手間が必要となってきます。感覚で言うと喫煙者の方はたばこのにおいがあまり気にならないが、禁煙者の方であれば少しのたばこ臭でも気になると言った感じでしょうか。
中にはペット同乗なしの有無が書いてある広告もあるみたいです。
以上、ご参考になればと思います。