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異音の解消は車両整備の中でも原因特定が難しく、状況によりますが難易度の高い部類に入ります。
症状の出ている現車を注意深く観察したり、各種検査機器を使い特定していくものです。
＞車はマニュアル車です。音はエンジン回転数には同期せず、速度に同期する感じです。
＞停車中も聞こえます。
速度に同期するが、停車中も聞こえるということであれば、やはりエンジン及びミッションの内部に関わる可能性が高いと思われます。
停車中も聞こえるということは、停車中に稼働していない部分は除外できます（足回りやドライブシャフトなど）。
何らかのセンサーやリレーの作動音、ミッション内部の可動部分など、考えればきりがありません。
メーカー保証対象内かと思いますので、ディーラーでみてもらうとよろしいかと存じます。
車種特有の不具合であれば、ディーラーに情報があるかもしれません。
